"El Profesor Layton y la Villa Misteriosa" sigue las aventuras del Profesor Hershel Layton, un arqueólogo y lógico eminente, y su aprendiz, Luke Triton. La historia comienza con una carta misteriosa que invita al Profesor Layton a visitar la Villa Misteriosa, un pueblo que ha sido sellado durante años debido a una serie de eventos extraños. La villa está llena de acertijos y puzzles que deben ser resueltos para desbloquear nuevas áreas y avanzar en la trama.